肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核，克罗恩病，溃疡性结肠炎。
直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都很少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。
有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因，在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺开始发育增殖，男性较女性增生明显，由于肛腺分泌旺盛，若加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高，而女性肛腺导管较直，不如男性弯曲，分泌物不易淤积，所以女性肛瘘发病率较低，人到老年，与其他皮脂腺普遍萎缩的同时，肛腺也随之萎缩，故老年肛瘘少见。
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